Вторая семера ставилась поверх без форматирования? Если так - проблемы могут остаться вполне. Alex прав - нужно выставиться заново, причем полезно провести диагностику HDD и естественно отформатировать системный раздел перед установкой. Затем можно попробовать запустить ошибочное приложение без установки драйверов на железо со стандартными семерки, если конечно они будут на нужных местах (видео, звук те же), обычно семера с первым паком их втыкает. На этом этапе полезно сделать образ системы если все ОК. Ну а затем уж эксперименты ставить с установкой дров, да и не всегда самые моследние версии оных оказываются рабочими, иногда старые корректнее.
А вообще интересное совпадение - флэшка - пустой экран (проблемы с shell) - ошибки при запуске приложений - попахивает вирусней... На антивири сильно не надейтесь, даже с новыми апдейтами очень многие не видят гадов и приходится ковырять ручками.