Всё зависит от того, с какой целью вы используете компьютер, и сколько у вас оперативной памяти. Следует учесть, что NTFS работает несколько медленнее чем FAT, из-за дополнительно загружаемых сервисов и её системы безопасности. Если у вас мало оперативной памяти, и вы решили поставить себе XP, то вам однозначно нельзя ставить себе NTFS. Если у вас 128MB или больше, то можно уже подумать об NTFS. Следует взвесить преимущества и недостатки NTFS для простого пользователя и решить, что вам нужно. К преимуществам FAT32 можно отнести то, что она быстрее и требует меньше памяти для работы. Если система работает только с FAT32, то в память не грузятся драйвера и сервисы, необходимые NTFS. Кроме этого, при использовании FAT32 имеется возможность доступа к диску при загрузке с загрузочного флоппи W9x. Преимущества NTFS для простого пользователя можно описать одним ёмким словом: indestructible. На полном серьёзе, вышибить NTFS чрезвычайно сложно, хоть и возможно. Для опыта запускалась куча различных приложений, оптимизаторы диска, и в самые неподходящие моменты жалась кнопка reset. Повторение этого садизма добрый десяток раз никакого впечатления на систему не произвело, она продолжала работать без ошибок. Кроме этого, NTFS обладает встроенными средствами шифрования файлов, что обеспечивает определённую уверенность в сохранности данных. Конечно, при условии что система не будет переустанавливаться.

Утилита полностью не очистит вам реестр. Вам придется лезть в реестр и вручную удалять остатки софта. Наведываться в Реестр лучше всего сразу после деинсталляции практически любых программ для того, что бы удалить следы их пребывания в системе. И каждый раз Вы будете удивлены, как много мусора даже лучшие их них оставляют после себя. Очень полезно регулярно инспектировать Реестр с целью выявления и удаления ключей отдельных излишне рьяных приложений, без угрызения совести прописывающих себя в тех ветвях Реестра, которые отвечают за различные виды автоматического запуска программ при старте системы. Поэтому вы хорошо должны знать что удалили, а что у вас еще установлено.
В основном софт оставляет папки программ в разделе:
HKLM\Software и HKCU\Software, HKLM\Software\Microsoft\Windows\SurrentVersion\Explorer\MenuOrder\StartMenu2\Programs
За автозапуск программ в Windows отвечают ключи, находящиеся в ветке:
HKLM\Software\ Microsoft\Windows\CurrentVersion.
Подразделы: Run, RunOnce, RunOnceEx, Run Services, RunServicesOnce. В них и содержатся ключи, отвечающие за запуск программ. Название ключа может быть произвольным, а в качестве его значения указывается запускаемая программа. В разделе Run по умолчанию система устанавливает следующие ключи: internat.exe, LoaderPowerProfile, ScanRegistry, SystemTray, TaskMonitor, а в разделе RunServices повторно дублируется ключ LoadPowerProfile. В разделах, в которых присутствует слово Once, прописывают свои значения программы, запуск которых надо произвести один раз, например при установке, или наоборот, при удалении программы. Поэтому в нормальных условиях они должны быть пусты. Все остальные ключи, присутствующие в любом из этих разделов Реестра, добавлены установленными программами и подлежат придирчивой инспекции на предмет их лояльности. Здесь же, в папке CurrentVersion проверьте папку Uninstall, и удалите все что у Вас не установлено. По желанию можете изменить параметры Установки и удаления программ, это уже относится к разделу Безопасность

Вся информация для удаления программ храниться в разделе реестра: HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall

Информация о каждой программе храниться в отдельном разделе. В каждом разделе обязательно должны присутствовать два параметра:

STRING DisplayName, значение - имя, которое отображается в списке удаляемых программ

STRING UninstallString, значение - путь к программе удаления

также могут присутствовать другие пункты, их обычно добавляют современные инсталляторы:

STRING DisplayIcon - иконка, соответствующая приложению в диалоге Установка и удаление программ
STRING ModifyPath - Путь инсталлятора для изменения установочных параметров программы. Еcли этот ключ установлен, то Кнопка Заменить/Удалить распадается на две - Заменить (выполняется ModifyPath) и Удалить(выполняется UninstallString)

Следующие параметры относятся к диалоговому окну Поддержка

STRING Publisher - Издатель продукта
STRING Readme - Путь к файлу Readme для данного продукта
STRING Comments - Комментарии к продукту
STRING Contact - Контактное лицо (e-mail и т.п.)
STRING DisplayVersion - Номер версии
STRING ProductID - Код продукта
STRING RegCompany - Зарегистрированная компания
STRING RegOwner - Зарегистрированный владелец
STRING URLInfoAbout - Домашняя страничка производителя (параметр Publisher становится ссылкой)
STRING URLUpdateInfo - URL обновления продукта
STRING HelpLink - URL сведений о поддержке

Открываем RegEdit, нажимаем комбинацию клавиш Ctrl-F - и в появившемся окошке вводим название того, что мы хотим найти. Естественно, это будет название удаленной программы, или его варианты. Так, например, иногда стоит поискать и по имени фирмы - разработчика. И ищем, ищем, ищем... Да, это долго и нудно (ведь после каждого найденного значения необходимо еще раз нажать F3, и так до конца, особенно если ключей очень много, но никуда не денешься. Конечно, существует большое количество специализированных утилит для поиска и удаления дохлых ссылок реестра, способные существенно облегчить ваш труд ассенизатора, мы дальше будем рассматривать некоторые из них, однако правда жизни такова, что на все 100 % гарантировать успешный результат ни одна из них не в состоянии. Ведь структура Реестра настолько гибка, что позволяет вносить в него все, что  заблагорассудится. И поверьте, иногда может такое заблагорассудиться, что систему сразу парализует . Так что ручками, ручками...и головой тоже. А дальше - оптимизация Реестра, которая является логическим продолжением операции чистки. Ведь при удалении ссылок из Реестра они оттуда физически не удаляются, а только помечаются, как удаленные, что, конечно, обеспечивает определенное увеличение скорости работы с Реестром.

Операционная система Windows никогда не работает с максимальной скоростью при настройках по умолчанию. Частично это связано с большим количеством оборудования, на которое устанавливается данная система. Microsoft сбалансировала производительность с легкостью в использовании и совместимостью с любым оборудованием. Windows XP выдвигает несколько предположений о том, как она будет использоваться. Графический интерфейс системы обладает своеобразной теплотой и дружественностью, но эффекты типа теней и исчезающего меню замедляют систему. Инструменты по обеспечению отказоустойчивости типа "Восстановления системы" (System Restore) облегчают восстановление после аварий, но они также съедают дисковое пространство, а их работа в фоновом режиме потребляет часть мощности процессора. Windows XP запускает большое количество служб, которые  могут понадобиться,  и могут оказаться совершенно бесполезными, в зависимости от рода вашей деятельности на компьютере. Снятие лишних служб помогает ускорить запуск системы и немного разгрузить процессор для других приложений. К тому же многие приложения типа "Microsoft Office" загружают свои фоновые приложения, которые также съедают системную память и процессор. Если вы потратите несколько минут на снятие лишних фоновых приложений и служб, а также отключите некоторые графические украшательства, то вы сможете заметно улучшить игровую и офисную производительность вашей Windows XP. Даже сама XP помогает оптимизировать файловую систему в зависимости от ваших нужд, к тому же Microsoft поставляет несколько утилит для оптимизации системы. Большинство оптимизаций потребуют редактирование реестра или внесение изменений в жизненно важные части системы, так что вам потребуются административные привилегии. Перед работой вы должны отключить антивирусные средства и программы по обеспечению безопасности, а также выполнить резервирование всех жизненно важных данных. Windows XP прекрасно настраивается! Честно И помните, что только эксперимент поможет вам выбрать оптимальное соотношение между графическими украшениями и производительностью. Поехали...

Отключить нажатие CTRL+ATL+DEL сразу после загрузки Windows. Панель управления -> Администрирование -> Локальная политика безопасности -> Локальные политики -> Параметры безопасности : пункт «Интерактивный вход в систему: не требовать нажатия CTRL + ALT + DELETE» щелкнуть на нем два раза и выбрать пункт «Включен».

Можно немного увеличить скорость работы, отключить систему POSIX (никогда не используется). HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Subsystems = удалить в нём строки Optional и POSIX.

Раскрытие меню. Заходим в HKCU\ControlPanel\Desktop] ключ "MenuShowDelay". Этот ключ устанавливает задержку раскрывающихся меню. По умолчанию она равна 400 миллесекундам. Можно уменьшить до 50-100.

Анимация окон. Заходим в HKCU\ControlPanel\Desktop\WindowsMetrics ключ "MinAnimate". Если поставить его в 1, то анимация окон исчезнет и они будут раскрываться мгновенно.

Утилита MSCongif. Пишем в командной строке "msconfig" В закладке Startup список автозагрузочных программ. В разделе Service список системных служб. Отредактировать по желанию, но не отключите нужные службы.

Убрать дебаггер. Заходим в HKLM\Software\Microsoft\WindowsNT\CurrentVersion\AeDebug ключ "Auto" меняем значение на 0. После в System Properties- Advanced. Жмем Error Reporting и выбираем Disable error reporting. Ставим галочку в But notify me, when critical errors.

Ускорить выключение Windows. Заходим в HKLM\System\CurrentControlSet\Control ключ "WaitToKillServiceTimeout". По умолчанию 20000. Значит, что система будет ожидать 20 секунд, перед тем, как признать зависшие программы зависшими. Ставим на 5000. Ниже ставить не советую, а то система начнет убивать работающие программы.

Для совместимости со старыми приложениями Windows XP создает в разделе с NTFS специальную таблицу, содержащую все имена файлов и папок в формате MS-DOS: 8 . 3.Для увеличения производительности такую функцию следует отключить. Делается это через реестр: HKLM\System\CurrentControlSet\Control\FileSystem,  параметр NtfsDisable8dot3NameCreation = установить его значение в 1.


Встроенная оптимизация Windows XP
Самое интересное, что оптимизация в Windows XP производится постоянно. По мере того, как вы запускаете приложения, Windows наблюдает за вашим поведением и записывает динамический файл layout.ini. Каждые три дня, после того, как система сочтет компьютер бездействующим, она изменяет физическое местоположение некоторых программ на жестком диске для оптимизации их времени запуска и выполнения. XP также ускоряет процесс загрузки системы и оптимизирует запуск программ с помощью предсказаний. Windows наблюдает за кодом и программами, которые запускаются сразу после загрузки, и создает список, позволяющий предсказать запрашиваемые данные во время загрузки. Точно также при запуске отдельных программ, Windows следит за используемыми программой компонентами и файлами. В следующий запуск приложения Windows предсказывает список файлов, которые потребуются программе. Предсказания используются и в ядре Windows XP, и в планировщике задач. Ядро следит за страницами, к которым обращается данный процесс сразу же после его создания. Далее служба создает ряд инструкций предсказания. Когда процесс будет создан в следующий раз, ядро выполнит инструкции предсказания, ускорив выполнение процесса. Оптимизация диска и ускорение запуска приложений/загрузки тесно работают вместе. Списки, записанные при запуске приложения и при загрузке системы, используются при выполнении оптимизации файловой системы для более быстрого доступа к программам.

Ускорение графики, убрать иконки и обои, чистый рабочий стол - это самый лучший рабочий стол. Никогда не ставьте обои! Более странного поступка трудно себе представить. Системной памяти и процессору наверняка найдется лучшее применение, чем играться с красивым фоном и сортировать сотни иконок. Как и в предыдущих версиях Windows, чрезмерное количество иконок и обои поедают напрочь системную память. Особенно тяжелым бременем на систему ложится анимированный рабочий стол. С другой стороны, удар по производительности не слишком велик, если ваша система оснащена более 256 Мб памяти и нормальным процессором (где-то 1000 МГц или быстрее). Если же у вас 64 Мб памяти и Pentium 2, то здесь придется серьезно экономить отключая все, что только возможно. Снизьте количество эффектов Благодаря новому виду и GNOME-подобной поддержке скинов, Windows XP выглядит красивее любой предыдущей версии Windows. Переход между меню анимирован, диалоги и курсор имеют тень, экранные шрифты настраиваются под максимальную читаемость и т.д. Все эти визуальные утехи могут снижать реакцию интерфейса на пользователя. XP запускает несколько тестов для автоконфигурации своего пользовательского интерфейса чтобы сохранить как удобство, так и красоту, но вы легко можете все исправить. Если исчезающие меню вам больше досаждают, нежели нравятся, а тени под окнами диалогов вам безразличны, то вы можете убрать все лишнее. Некоторые настройки выполняются через закладку Оформление (Appearance) в свойствах дисплея, которые вы можете вызвать нажав правую клавишу мыши на любой свободной части экрана и выбрав Свойства (Properties). Нажмите клавишу Эффекты (Effects) и вы сможете настроить переходы в меню, тени и шрифт, включая новую технологию улучшения читаемости шрифта Microsoft ClearType. По нашему мнению, ClearType хорош для ноутбуков и ЖК мониторов, но на ЭЛТ текст выглядит слишком жирно и смазано. Учтите, что даже на ЖК мониторе не всем нравится ClearType, так что выбирайте по своему вкусу. Вы можете и дальше настраивать производительность графического интерфейса через Свойства системы (System Properties). Откройте свойства через Панель управления (Control Panel) или нажмите правой клавишей мыши на значок System и выберите там Properties (Свойства). Далее перейдите к закладке Дополнительно (Advanced) и нажмите Параметры (Settings) в панели Производительность (Performance). Здесь вы можете указать как максимальную производительность, так и максимальную красивость, равно как выбрать необходимые параметры самому.
Перейдите к закладке Дополнительно (Advanced) в Параметрах быстродействия (Performance Options) и убедитесь, что распределение ресурсов процессора и памяти выставлено на оптимизацию работы программ – вам нужно указывать приоритет фоновых служб и кэша если только ваш компьютер выполняет роль сервера.
Здесь вы также можете указать размер и местоположение файла подкачки. Но Windows XP обычно сама прекрасно выбирает этот размер. Мы попытались вручную изменять его, но прироста производительности в синтетических или игровых тестах это не дало.
Быстрое переключение между пользователями
Такая функция доступна в XP Home Edition и Professional, если компьютер не входит в домен. Быстрое переключение позволяет пользователям одного компьютера быстро переключаться между учетными записями без завершения сеанса. Прекрасная функция, если вашим компьютером пользуется мама, папа и всякие сестры-братья, однако такое переключение колоссально (!) отъедает доступную память.
Если в систему вошло более одного пользователя, то настройки каждого пользователя, равно как и запущенные программы сохраняются в памяти при переключении к другому пользователю.
Windows XP автоматически отключает быстрое переключение между пользователями, если компьютер оснащен 64 Мб памяти или меньше. Для максимальной производительности убедитесь, что в одно время в систему заходит только один пользователь. Вы также можете отключить эту функцию, зайдите в Панель управления\Учетные записи пользователей (Control Panel\User Accounts) нажмите кнопку "Change the way users log on or off": и уберите галочку с пункта "Use Fast User Switching".
Автоматическое обновление
Вы всегда должны ставить на Windows последние исправления, версии DirectX, патчи совместимости и другие обновления (!). Но по умолчанию XP будет сама делать это за вас, разве что для этого потребуется запуск небольшой программы в фоне, которая будет проверять обновления.
Если вы сами следите за обновлениями, то можете сказать XP более вас по этому вопросу не беспокоить. Перейдите в закладку Автоматическое обновление (Automatic Updates) в Свойствах системы (System Properties). Здесь вы можете указать Windows определять и скачивать обновления автоматически, или сообщать вам об этом, или вообще отключить определение.
Восстановление системных файлов
Полезная функция, если ваш компьютер не используется исключительно для ресурсоемких задач типа игр. Так что лучше оставить ее включенной. При этом компьютер периодически создает слепки критичных системных файлов (файлы реестра, COM+ база данных, профили пользователей и т.д.) и сохраняет их как "точку отката". Если какое-либо приложение "снесет" вашу систему, или что-то важное будет испорчено, вы можете обратить компьютер в предыдущее состояние - в точку отката.
Точки отката автоматически создаются службой "Восстановления системы" (System Restore) при возникновении некоторых ситуаций типа установки нового приложения, обновления Windows, установки неподписанного драйвера и т.д. Вы можете и вручную создавать точки отката через интерфейс Восстановления системы (System Restore), который можно вызвать пройдя путь: Пуск\Программы\Стандартные\Служебные\Восстановление системы (Start\Programs\Accessories\System Tools\System Restore).
Восстановление системных файлов опирается на фоновую службу, которая минимально сказывается на быстродействии и записывает снимки, отнимающие часть дискового пространства. Вы можете вручную отвести максимальный объем дискового пространства для данной службы. Вы также можете полностью отключить службу для всех дисков.
Отключить можно пометив бокс "Turn off System Restore"
Поскольку служба восстановления системных файлов может влиять на результаты тестовых программ, ее обычно отключают перед тестированием, что нам и приходится часто делать.
Регулярно производите дефрагментацию. DOS и не-NT версии Windows мало заботились об оптимизации своих файловых систем. Когда вы устанавливаете и удаляете программы, то в различных областях дискового пространства создаются "дыры". В результате свободное место представляет собой не сплошной блок, оно разбросанно по всему диску. При заполнении свободного пространства файлы также оказываются разбросанными по нескольким секторам, что сильно снижает производительность – при обращении к файлу диску приходится читать не один последовательный участок, а несколько произвольно разбросанных.
В NT-версиях Windows, использующих файловую систему NTFS, применяются особые меры для сохранения целостности дискового пространства – но фрагментация все равно происходит. Поэтому вы должны регулярно дефрагментировать ваш жесткий диск, причем регулярность зависит от характера вашей деятельности на компьютере.
Если вы часто устанавливаете и удаляете программы, или вы постоянно создаете, перемещаете или удаляете файлы, то вы должны выполнять дефрагментацию раз в неделю. Если же вы долгое время используете одни и те же приложения, при этом вы не слишком часто перемещаете файлы, то вы можете увеличить промежуток между дефрагментациями до одного месяца.
Если вы достаточно часто выполняете дефрагментацию, то вы не заметите ощутимого прироста в производительности после дефрагментации. Это совершенно нормально. Если же прирост явно ощутим, то вы слишком долго не выполняли дефрагментацию.
Снятие ненужных служб
В Windows XP фоновые программы снижают производительность пользовательских программ и игр. Поскольку для фоновых служб требуется память, то соответственно увеличиваются обращения к файлу подкачки, при этом процессор также не остается в стороне.
Вы можете посмотреть на список фоновых служб с помощью Диспетчера задач (Task Manager), который вызывается нажатием клавиш Ctrl+Alt+Delete. В отличие от Windows 9x, XP различает пользовательские приложения и системные службы. Нажмите на закладку Процессы (Processes) для просмотра системных служб и фоновых приложений. Отсюда вы также можете завершить работу каких-либо процессов, если они зависнут.
Вы сразу же можете узнать некоторые процессы по имени. Если у вас работает фоновая антивирусная программа, вы увидите ее в списке процессов. Здесь вы найдете различные процессы, от конфигурирующих вашу мышь (EM_EXEC.EXE) до оболочки Windows Explorer (EXPLORER.EXE). Если вы привыкли к 9x, то часть процессов будут вам незнакомы: SERVICES.EXE, WINLOGON.EXE, SYSTEM и т.д.

Службы – важный элемент операционной системы, они обеспечивают функциональность аппаратного и программного обеспечения, заданий и т.д. Конечно, лучше даже и не пытаться отключить ключевые процессы ядра операционной системы и связанные с ними службы, которые управляют распределением процессов, обработкой прерываний, операциями с файлами, с виртуальной памятью и т.д. Но в системе устанавливается большое число не критичных служб, которые работают по умолчанию и находятся на более высоком уровне абстракции по отношению к службам операционной системы. Эти службы вы можете отключить или изменить для увеличения времени реакции или производительности системы без серьезных побочных эффектов.
Вы можете запустить оснастку ( Открыть панель управления Службы "Services" ) через Панель управления/Администрирование/Службы (Control Panel/Administrative Tools/Services) или Пуск-Выполнить = Services.MSC.
После запуска оснастки вы увидите таблицу служб, которые доступны для модификации в вашей конфигурации Windows XP. В каждой строчке содержится описание службы (более подробный вариант можно получить в Справке), ее состояние (работает или нет), тип запуска (авто, вручную или отключено) и имя пользователя, под которым будет запущена служба. Проверить режим работы служб.
Если тип запуска установлен "авто", то служба будет автоматически запускаться при старте Windows. Службы с типом запуска "вручную" можно соответственно запустить вручную, или они могут быть запущены другими зависимыми службами (зависимыми называются службы, которые не могут работать без данной). Если служба отключена, она не будет запускаться.
Для получения максимальной производительности вы можете остановить некоторые службы и/или поставить их в тип запуска "вручную". Не устанавливайте тип запуска в "отключено", если вы не абсолютно уверены, что служба не понадобится вам, другим службами или "железу".

При рекомендации отключить ту или иную службу я исхожу из предпосылки, что настройка проводится на обычном домашнем компьютере. В противном случае вам надо исходить из реальных условий эксплуатации компьютера. Подробно описывать службы не буду, только комментарии.(прилогаю ниже документ Word со списком служб)

Неплохие советы как настроить эту злосчастную Винду Здеся

"Настройка Служб в Виндуз" - объединена с данной темой, дабы не быть дублирующей. Заодно и эта реанимируется (за что и респект boltal`у).